A doktori program 1993 óta, a Történelemtudományok Doktori Iskola megalakulásától kezdve folyamatosan működik. Vezetője 1996-tól Gergely Jenő, 2010-től Erdődy Gábor volt, 2013 szeptemberétől pedig Varga Zsuzsanna egyetemi tanár.

A doktori program lefedi a XIX–XX. századi magyar történelem egészét és a határon túli magyarság történetének főbb kérdéseit. Gerincét a politikatörténet képezi: pártok, pártrendszerek, parlamentarizmus, az állam (bel- és külpolitika), a közigazgatás stb. története. A program kiterjed a politikai ideológiák és eszmék tárgykörére, a kultúrtörténetre, a társadalmi szerveződések, autonómiák, érdekképviseletek működésére is. A kínálatot tovább színesíti az egyháztörténet: a Magyarországon működő keresztény egyházak, felekezetek szervezete, illetve azok társadalmi, politikai, kulturális és művelődéstörténeti szerepvállalása stb.

A program vonzereje kiterjed az egész magyar nyelvterületre; számos vidéki, illetve határon túli magyar hallgatója van. A jelentkezők nagy száma lehetővé teszi a felveendők közötti kellő szelektálást, aminek egyik büszkeségre okot adó következménye, hogy doktoranduszaink kimagaslóan magas százaléka megvédte doktori disszertációját. A hallgatók jelentős hányada részesült állami ösztöndíjban.

A programnak rendszeres kapcsolatai vannak az MTA Történettudományi Intézetével, az MTA Társadalomkutató Intézetével, a Magyar Nemzeti Levéltárral, az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltárával, a Politikatörténeti Intézettel, a Magyar Mezőgazdasági Múzeummal, illetve a hazai tudományegyetemek történettudományi doktori iskoláival. Ezen intézmények szakemberei rendszeresen részt vesznek külső előadóként szakszemináriumok vezetésében, továbbá a szigorlati és védési bizottságokban. A vezető oktatóknak személyes szakmai kapcsolatai vannak az osztrák, a német, az olasz felsőoktatás hasonló tematikával foglalkozó egyetemeivel és kutatóhelyeivel.